RLSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.RLSeq

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RLSeq。

RLSeq: R-loop映射数据分析包

Bioconductor版本:3.15

RLSeq是分析和评估工具包R-loop映射数据集。RLSeq有两个主要目的:(1)为了便于数据集质量的评价,和(2),使R-loop的上下文中分析从RLBase公开的数据集。包的目的是提供一个简单的管道,被称为的“RLSeq()的函数,执行所有主要分析。个体功能也可访问,并提供定制的分析功能。最后一个HTML报告生成的报告()。

作者:亨利•米勒(cre, aut cph]丹尼尔Montemayor(施)西蒙•利维(施)安娜,葡萄(施)(错,cph),亚历山大主教

维护人员:亨利米勒< millerh1 uthscsa.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RLSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RLSeq”)

HTML	R脚本	分析与RLSeq R-loop数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,报道,表观遗传学,测序,软件,转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	dplyr,ggplot2,RColorBrewer、网格地区,valr,caretEnsemble,GenomicFeatures,rtracklayer,GenomicRanges,GenomeInfoDb,ComplexHeatmap,AnnotationHub,维恩图,callr,circlize,ggplotify,ggprism、方法、统计数据RLHub,aws.s3,pheatmap
链接
建议	AnnotationDbi,BiocStyle,covr,lintr,rcmdcheck,DT,httr,jsonlite,kableExtra,kernlab,knitr,魔法,质量,org.Hs.eg.db,R.utils,randomForest,readr,rmarkdown,rpart,testthat(> = 3.0.0),宠物猫,tidyr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,futile.logger
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bishop-Laboratory/RLSeqhttps://bishop-laboratory.github.io/RLSeq/
BugReports	https://github.com/Bishop-Laboratory/RLSeq/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RLSeq_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	RLSeq_1.2.0.zip
macOS二进制(x86_64)	RLSeq_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RLSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RLSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RLSeq/
包下载报告	下载数据