RCX

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCX

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RCX。

R包实现Cytoscape交换(CX)格式

Bioconductor版本:3.15

创建、处理、验证、可视化和转换网络Cytoscape交换(CX)格式的标准数据类型和对象。包还提供了转换与iGraph和graphNEL的对象。使用的残雪格式也NDEx平台,在线共享生物网络,网络可视化软件Cytocape。

作者:Florian奥尔(aut (cre)

维护人员:Florian奥尔<弗洛里安。奥氏小体在informatik.uni-augsburg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RCX”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RCX”)

HTML	R脚本	01。RCX - R包实现Cytoscape交换(CX)格式
HTML	R脚本	02。从头创建RCX
HTML	R脚本	03。扩展RCX数据模型
HTML	R脚本	附录:RCX,残雪数据模型
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,网络,通路,软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	jsonlite,plyr,igraph、方法
链接
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,base64enc,图
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/frankkramer-lab/RCX
BugReports	https://github.com/frankkramer-lab/RCX/issues
取决于我	ndexr
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RCX_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	RCX_1.0.1.zip
macOS二进制(x86_64)	RCX_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCX
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RCX
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCX/
包下载报告	下载数据