QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅QuasR

量化和注释在短时间内读取R

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了一个框架的量化和分析短的读取。它涵盖了一个完整的工作流从原始序列读取,校准和质量控制图的创建,量化的基因组区域。

作者:安妮塔我们(aut),夏洛特Soneson (aut),Dimos Gaidatzis (aut),迈克尔·施(aut (cre)

维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >

从内部引用(R,回车引用(“QuasR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QuasR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“QuasR”)

HTML R脚本 介绍QuasR
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本 1.36.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R(> = 4.1),并行,GenomicRanges,Rbowtie
进口 方法、grDevices图形,跑龙套、统计工具,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,Biobase,Biostrings,BSgenome,Rsamtools,GenomicFeatures,ShortRead,BiocParallel,GenomeInfoDb,rtracklayer,GenomicFiles,AnnotationDbi
链接 Rhtslib
建议 Gviz,BiocStyle,GenomicAlignments,Rhisat2,knitr,rmarkdown,covr,testthat
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
取决于我
进口我 SingleMoleculeFootprinting
建议我 eisaR
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 QuasR_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 QuasR_1.36.0.zip
macOS二进制(x86_64) QuasR_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QuasR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网