PoTRA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PoTRA

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PoTRA。

PoTRA:拓扑秩分析的途径

Bioconductor版本:3.15

PoTRA分析是基于拓扑的基因在生物通路。PoTRA可用来检测途径参与疾病(刘& Dinu, 2018)。我们使用网页级别来衡量相对拓扑中每个生物的基因通路,然后选择中心为每个通路基因,并利用渔民精确检验来确定中心在每个通路基因的数量改变了从正常到癌症(刘Li & Dinu, 2018)。另外,如果拓扑分布的通路的基因是正常和癌症之间改变,这个途径也可能参与癌症(刘Li & Dinu, 2018)。因此,我们使用Kolmogorov-Smirnov测试来检测途径,拓扑分布的改变两个表型之间的基因(刘Li & Dinu, 2018)。PoTRA可以使用KEGG、Reactome SMPDB药物基因学,豹,PathBank等数据库的重击石墨图书馆。

作者:刘Chaoxing李,李和Valentin Dinu

维护人员:玛格丽特临安< mlinan asu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PoTRA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PoTRA”)

HTML	R脚本	通路的拓扑秩分析(PoTRA)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,KEGG,网络,豹,PathBank,通路,Reactome,软件,StatisticalMethod
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	LGPL
取决于	R(> = 3.6.0),统计数据,BiocGenerics,org.Hs.eg.db,igraph,图,石墨
进口
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdowncolr,metap,repmis
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PoTRA_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	PoTRA_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64)	PoTRA_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PoTRA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PoTRA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PoTRA/
包下载报告	下载数据