OrganismDbi

DOI:10.18129 / B9.bioc.OrganismDbi

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OrganismDbi。

软件使光滑连接不同的数据库包

Bioconductor版本:3.15

包允许一个简单的统一界面几个注释包每个有自己的模式通过利用这样的事实,这些包实现了选择方法。

作者:马克•卡尔森Herve页,瓦莱丽Obenchain马丁•摩根

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OrganismDbi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OrganismDbi”)

PDF	R脚本	OrganismDbi:元注释框架包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,基础设施,软件
版本	1.38.1
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 2.14.0)、方法BiocGenerics(> = 0.15.10),AnnotationDbi(> = 1.33.15),GenomicFeatures(> = 1.39.4)
进口	Biobase,BiocManager,GenomicRanges(> = 1.31.13),图,IRanges,RBGL,DBI,S4Vectors(> = 0.9.25),统计数据
链接
建议	Homo.sapiens,Rattus.norvegicus,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,AnnotationHub,FDb.UCSC.tRNAs,mirbase.db,rtracklayer,biomaRt,RUnit,RMariaDB
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	Homo.sapiens,Mus.musculus,Rattus.norvegicus
进口我	AnnotationHubData,epivizrData,ggbio,gpart软件,uncoverappLib
建议我	ChIPpeakAnno,epivizrStandalone
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OrganismDbi_1.38.1.tar.gz
Windows二进制	OrganismDbi_1.38.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	OrganismDbi_1.38.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OrganismDbi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OrganismDbi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OrganismDbi/
包下载报告	下载数据