OrganismDbi

DOI:10.18129 / B9.bioc.OrganismDbi

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OrganismDbi

软件使光滑连接不同的数据库包

Bioconductor版本:3.15

包允许一个简单的统一界面几个注释包每个有自己的模式通过利用这样的事实,这些包实现了选择方法。

作者:马克•卡尔森Herve页,瓦莱丽Obenchain马丁•摩根

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“OrganismDbi”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OrganismDbi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OrganismDbi”)

PDF R脚本 OrganismDbi:元注释框架包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,基础设施,软件
版本 1.38.1
Bioconductor自 BioC 2.11 (r - 2.15)(10年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(> = 2.14.0)、方法BiocGenerics(> = 0.15.10),AnnotationDbi(> = 1.33.15),GenomicFeatures(> = 1.39.4)
进口 Biobase,BiocManager,GenomicRanges(> = 1.31.13),,IRanges,RBGL,DBI,S4Vectors(> = 0.9.25),统计数据
链接
建议 Homo.sapiens,Rattus.norvegicus,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,AnnotationHub,FDb.UCSC.tRNAs,mirbase.db,rtracklayer,biomaRt,RUnit,RMariaDB
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我 Homo.sapiens,Mus.musculus,Rattus.norvegicus
进口我 AnnotationHubData,epivizrData,ggbio,gpart软件,uncoverappLib
建议我 ChIPpeakAnno,epivizrStandalone
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 OrganismDbi_1.38.1.tar.gz
Windows二进制 OrganismDbi_1.38.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) OrganismDbi_1.38.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OrganismDbi
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OrganismDbi
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/OrganismDbi/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网