NADfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.NADfinder

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NADfinder。

测序数据的调用宽峰

Bioconductor版本:3.15

核仁是一个重要的结构在真核细胞的细胞核中。是这个网站的抄录rDNA为装配核糖体,核糖体rna和aka核糖体生物转化。此外,核仁是动态中心通过航天飞机大量蛋白质和接触特定non-rDNA基因位点。深度测序分析的DNA与孤立的核仁(NAD - seq)表明,特定的位点,称为核仁-相关领域(流浪者)形式频繁的三个维度对核仁。NAD-seq已被用于研究NAD的生物功能和NAD的动态分布在胚胎干细胞(ESC)分化。这里,我们开发了一个Bioconductor包NADfinder NAD-seq数据的生物信息学分析,包括基线校正、平滑、归一化,峰值的召唤,和注释。

作者:Jianhong Ou,刘叫海波,小君,Herve页,保罗•考夫曼丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >、丽华朱莉朱<朱莉。朱:umassmed.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NADfinder”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NADfinder”)

HTML	R脚本	NADfinder.html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNASeq,GeneRegulation,PeakDetection,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0),BiocGenerics,IRanges,GenomicRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment
进口	图形、方法基线,信号,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,rtracklayer,limma,trackViewer,统计,跑龙套,Rsamtools,metap,EmpiricalBrownsMethod,ATACseqQC,corrplot,csaw
链接
建议	RUnit,BiocStyle,knitr,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,testthat,BiocManager,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NADfinder_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	NADfinder_1.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	NADfinder_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NADfinder
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NADfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NADfinder/
包下载报告	下载数据