MotifDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.MotifDb

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MotifDb。

一个带注释的Protein-DNA绑定序列的集合

Bioconductor版本:3.15

超过9900的带注释的位置频率矩阵14公共来源,为多个生物。

作者:保罗•香农马特·理查兹

维修工:保罗·香农< pshannon systemsbiology.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MotifDb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MotifDb”)

HTML	R脚本	pwm的集合
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MotifAnnotation,软件
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(10年)
许可证	艺术- 2.0 |文件许可证
取决于	R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Biostrings
进口	rtracklayer,splitstackshape
链接
建议	RUnit,seqLogo,BiocStyle,knitr,rmarkdown,formatR,减价
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	generegulation,motifbreakR,trena
进口我	igvR,rTRMui
建议我	ATACseqQC,DiffLogo,enhancerHomologSearch,模因,MMDiff2,motifcounter,motifStack,profileScoreDist,PWMEnrich,rTRM,TFutils,universalmotif,vtpnet
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MotifDb_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	MotifDb_1.38.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MotifDb_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MotifDb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MotifDb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MotifDb/
包下载报告	下载数据