MoonlightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MoonlightR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MoonlightR。

从组学数据识别癌基因和肿瘤抑制基因

Bioconductor版本:3.15

动机:癌症机制的理解需要识别的基因发挥作用在病理学的发展和作用的特征(特别是癌基因和肿瘤抑制)。结果:我们提供了一个R / bioconductor包叫做MoonlightR返回一个特定的癌症类型的候选人司机基因列表,TCGA表达数据的基础上。该方法首先推断基因调控网络,然后进行功能富集分析(FEA)(实现一个上游的监管机构分析,URA所言)分数的重要性众所周知的生物过程对研究癌症类型。最终,通过随机森林,MoonlightR预测两个特定角色的候选人司机基因:i)肿瘤抑制基因(次数)和ii)致癌基因(OCGs)。因此,这种方法不仅识别基因扮演双重角色(例如,在另一个癌症类型和OCG次数)也有助于阐明生物过程潜在的特定角色。特别是,MoonlightR可以用来发现OCGs和次数相同的癌症类型。这可能有助于回答这个问题之间是否有些基因改变作用早期阶段(I, II)和后期(III, IV)在乳腺癌。在未来,这种分析可能有助于确定不同的抵抗化疗治疗的原因。

作者:安东尼奥Colaprico (aut) Catharina奥尔森(aut),马修·h·贝利(aut),加布里埃尔·j·奥多姆(aut) Thilde Terkelsen (aut),莫娜Nourbakhsh (aut),阿斯特丽德Saksager (aut),蒂亚戈席尔瓦(aut),安德烈·v·奥尔森(aut),劳拉Cantini (aut) (aut),安德烈·兹诺瓦耶夫Emmanuel Barillot (aut) Houtan Noushmehr (aut),格洛丽亚Bertoli (aut),伊莎贝拉卡斯蒂格利奥尼(aut),克劳迪娅静脉(aut)蒋禄卡波特米(aut), Xi史蒂文·陈(aut),埃琳娜•帕帕里奥(aut) Matteo Tiberti (cre, aut)

维护人员:Matteo Tiberti < Tiberti在cancer.dk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MoonlightR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation,DifferentialExpression,DifferentialMethylation,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,MethylationArray,网络,NetworkEnrichment,通路,软件,生存
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5),doParallel,foreach
进口	parmigene,randomForest,SummarizedExperiment,gplots,circlize,RColorBrewer,养蜂人,clusterProfiler,剂量,Biobase,limmagrDevices图形,TCGAbiolinks,GEOquery统计数据,RISmed、网格跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,devtools,roxygen2,png
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ELELAB/MoonlightR
BugReports	https://github.com/ELELAB/MoonlightR/issues
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MoonlightR_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	MoonlightR_1.22.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MoonlightR_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MoonlightR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MoonlightR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MoonlightR/
包下载报告	下载数据