MetNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetNet

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MetNet

从没有针对性高分辨率质谱数据推断的代谢网络

Bioconductor版本:3.15

MetNet包含功能代谢网络拓扑推断从定量数据和高分辨率质量/电荷信息。使用统计模型(包括相关性、互信息、回归和贝叶斯统计数据)和定量数据特性(强度值)邻接矩阵是推断,可以结合一个共识矩阵。质量/电荷之间的质量差异计算值的特性将匹配的数据帧提供质量/电荷差异指转换酶的活动。第三步,两个级别的信息组合起来形成一个邻接矩阵推断从定量和结构信息。

作者:托马斯Naake (aut (cre) Liesa沙尔茨(施)

维护人员:托马斯Naake < thomasnaake googlemail.com >

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HTML R脚本 高分辨率的代谢组学数据的工作流
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文本 新闻

细节

biocViews ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,网络,回归,软件
版本 1.14.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R (> = 4.0),S4Vectors(> = 0.28.1),SummarizedExperiment(> = 1.20.0)
进口 bnlearn(> = 4.3),BiocParallel(> = 1.12.0),dplyr(> = 1.0.3),ggplot2(> = 3.3.3),GeneNet(> = 1.2.15),GENIE3(> = 1.7.0)、方法(> = 3.5),parmigene(> = 1.0.2中),心理(> = 2.1.6),rlang(> = 0.4.10),刺穿了(> = 0.6),数据(> = 3.6),宠物猫(> = 3.0.5),tidyr(> = 1.1.2)
链接
建议 BiocGenerics(> = 0.24.0),BiocStyle(> = 2.6.1),glmnet(> = 4.1 - 1),igraph(> = 1.1.2),knitr(> = 1.11),rmarkdown(> = 1.15),testthat(> = 2.2.1),光谱(> = 1.4.1),MsCoreUtils(> = 1.6.0)
SystemRequirements
增强了
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进口我
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源包 MetNet_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 MetNet_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) MetNet_1.14.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetNet
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetNet
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MetNet/
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