MetCirc

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetCirc

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MetCirc。

导航质量光谱相似性高分辨率MS / MS代谢组学数据

Bioconductor版本:3.15

MetCirc包含工作流交互式地探索高分辨率MS / MS代谢组学数据。MetCirc使用Spectrum2和MSpectra包中定义的基础设施MSnbase存储MS / MS谱。MetCirc提供功能来计算相似性前体基于正常的点积,中性损失或用户定义函数和想象相似之处一个圆形布局。互动框架内用户可以注释MS / MS特征基于他们的相似性(已知)相关MS / MS特征。

作者:托马斯Naake < thomasnaake googlemail.com >, Johannes Rainer <约翰内斯。rainer eurac.edu >和伊曼纽尔Gaquerel <伊曼纽尔。在ibmp-cnrs.unistra.fr gaquerel >

维护人员:托马斯Naake < thomasnaake googlemail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MetCirc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	工作流的代谢组学
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,软件,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5),北极监测和评估方案(> = 0.8),circlize(> = 0.3.9),尺度(> = 0.3.0),闪亮的(> = 1.0.0),MSnbase(> = 2.15.3)
进口	ggplot2(> = 3.2.1),S4Vectors(> = 0.22.0)
链接
建议	BiocGenerics、图形(> = 3.5),grDevices (> = 3.5),knitr(> = 1.11)、方法(> = 3.5),数据(> = 3.5),testthat(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MetCirc_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	MetCirc_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MetCirc_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetCirc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetCirc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetCirc/
包下载报告	下载数据