MatrixQCvis

DOI:10.18129 / B9.bioc.MatrixQCvis

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MatrixQCvis。

Shiny-based交互式数据质量组学数据的探索

Bioconductor版本:3.15

数据质量评估是不可或缺的一部分准备数据分析,以确保良好的生物信息检索。我们这里现在MatrixQCvis包,它提供了shiny-based交互式可视化数据质量标准的样品和一个部分水平。它广泛适用于定量组学数据类型的矩阵像格式(功能x样本)。它使低质量的检测样品,飘离群值在数据集和批处理效果。可视化包括在其他酒吧,小提琴的情节(数/强度)值,均值和标准差的阴谋,阴谋,经验累积分布函数(ECDF)情节,可视化的样本之间的距离,和多种类型的降维的情节。此外,MatrixQCvis允许微分表达式分析基于limma(主持t)和proDA(瓦尔德测试)包。MatrixQCvis建立在流行Bioconductor SummarizedExperiment S4类,因此使简单集成到现有的工作流程。包特别是专门针对代谢组学和蛋白质组学质谱数据,但也允许其他数据类型的数据质量评估可以表示为一个SummarizedExperiment对象。

作者:托马斯Naake (aut (cre),沃尔夫冈·胡贝尔(aut)

维护人员:托马斯Naake < thomasnaake googlemail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MatrixQCvis”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	Shiny-based交互式数据质量组学数据的探索
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细节

biocViews	DimensionReduction,GUI,代谢组学,蛋白质组学,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	SummarizedExperiment(> = 1.20.0),情节(> = 4.9.3),闪亮的(> = 1.6.0)
进口	ComplexHeatmap(> = 2.7.9),dplyr(> = 1.0.5),ggplot2(> = 3.3.3)grDevices (> = 4.1.0),Hmisc(4.5 > = 0),htmlwidgets(> = 1.5.3)更正,嫁祸于(> = 1.65.0),imputeLCMD(> = 2.0),limma(> = 3.47.12)、方法(> = 4.1.0),openxlsx(> = 4.2.3)pcaMethods(> = 1.83.0),proDA(> = 1.5.0),rlang(> = 0.4.10),rmarkdown(> = 2.7),Rtsne(> = 0.15),S4Vectors(> = 0.29.15),shinydashboard(> =是0.7.1),shinyhelper(> = 0.3.2),shinyjs(> = 2.0.0),数据(> = 4.1.0),宠物猫(> = 3.1.1),tidyr(> = 1.1.3),umap(> = 0.2.7.0),UpSetR(> = 1.4.0),素食主义者(2.5 > = 7),vsn(> = 3.59.1)
链接
建议	BiocGenerics(> = 0.37.4),BiocStyle(> = 2.19.2),hexbin(> = 1.28.2),knitr(> = 1.33),testthat(> = 3.0.2)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MatrixQCvis_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	MatrixQCvis_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	MatrixQCvis_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MatrixQCvis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MatrixQCvis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MatrixQCvis/
包下载报告	下载数据