这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Maaslin2。
Bioconductor版本:3.15
MaAsLin2全面R方案有效地确定多变量临床微生物元'omic元数据和特征之间的联系。MaAsLin2依赖于一般线性模型,以适应大多数现代流行病学研究设计,包括横向和纵向,并提供各种数据探索、规范化和转换方法。MaAsLin2 MaAsLin下一代。
作者:Himel Mallick (aut),阿里Rahnavard (aut),劳伦McIver (aut (cre)
维护人员:劳伦McIver < lauren.j。在gmail.com mciver >
从内部引用(R,回车引用(“Maaslin2”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Maaslin2”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Maaslin2”)
HTML | R脚本 | MaAsLin2 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 宏基因组,微生物组,归一化,软件 |
版本 | 1.10.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(3年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 3.6) |
进口 | robustbase,biglm,pcaPP,刨边机,metagenomeSeq,lpsymphony,pbapply,车,dplyr,素食主义者,化学计量学,ggplot2,pheatmap,日志记录,data.table,lmerTest,哈希,optparse,统计grDevices跑龙套,glmmTMB,质量,cplm,pscl,lme4 |
链接 | |
建议 | knitr,testthat(> =魅惑,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin2 |
BugReports | https://github.com/biobakery/maaslin2/issues |
取决于我 | |
进口我 | Macarron,MMUPHin |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | Maaslin2_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | Maaslin2_1.10.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | Maaslin2_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Maaslin2 |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Maaslin2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Maaslin2/ |
包下载报告 | 下载数据 |