MIGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.MIGSA

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MIGSA。

大规模和综合基因分析

Bioconductor版本:3.15

大规模和综合基因分析。MIGSA包允许执行一套大规模和综合基因分析几个同时表达和基因集。它提供了一个共同的基因表达分析框架,授予一个全面的和连贯的分析。只有最小的用户参数设置是需要执行两个单数和基因集富集分析以综合的方式通过最有效的方法,即分别dEnricher和mGSZ。这个大的组学数据工具的最大的优点是几个功能的可用性探索,分析和可视化结果,以促进数据挖掘任务在巨大的信息源。MIGSA包还提供了几个函数,允许方便地从几个存储库加载最新基因集。

作者:胡安·c·罗德里格斯克里斯托瓦尔弗雷斯诺,安德里亚·s·Llera和埃尔默·费尔南德斯

维护人员:胡安·c·罗德里格斯< jcrodriguez在unc.edu.ar >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MIGSA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	得到pbcmc数据集
PDF	R脚本	TCGA获得数据集
PDF	R脚本	大规模和综合基因分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneSetEnrichment,KEGG,微阵列,RNASeq,软件,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.4),方法,BiocGenerics
进口	AnnotationDbi,Biobase,BiocParallel编译器,data.table,刨边机,futile.logger,ggdendro,ggplot2,GO.db,GOstats,图、图形grDevices、网格GSEABase,ismev,jsonlite,limma,matrixStats,org.Hs.eg.db,RBGL,reshape2,Rgraphviz,统计,跑龙套,素食主义者
链接
建议	BiocStyle,breastCancerMAINZ,breastCancerNKI,breastCancerTRANSBIG,breastCancerUNT,breastCancerUPP,breastCancerVDX,knitrmGSZ,MIGSAdata,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/
BugReports	https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MIGSA_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	MIGSA_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	MIGSA_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIGSA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MIGSA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MIGSA/
包下载报告	下载数据