LinTInd

DOI:10.18129 / B9.bioc.LinTInd

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅LinTInd。

由indels血统追踪

Bioconductor版本:3.15

当我们结合基因编辑技术和测序技术,我们需要重建一个从等位基因谱系树生成和计算每一对组之间的相似性。FindIndel()和IndelForm()函数将帮助您使每个阅读参考序列和生成疤痕形成字符串分别。IndelIdents()函数将帮助你定义一个疤痕为每个细胞或阅读形式。IndelPlot()函数将帮助您可视化删除和插入的分布。TagProcess()函数将帮助您为每个细胞或提取indels阅读。TagDist()函数将会帮助你计算每一对之间的相似性组在存在中所包含的信息。BuildTree()函数将会帮助你重建树。PlotTree()函数将帮助您可视化树。

作者:Luyue王(aut (cre),本香(施),恒刘(施),吴魏(黑色)

维护人员:王Luyue < wly1995310 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“LinTInd”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“LinTInd”)

HTML	R脚本	LinTInd——教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐,CRISPR,SingleCell,软件
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),ggplot2、并行数据,S4Vectors
进口	data.tree,reshape2,networkD3,stringdist,purrr,猿,cowplot,ggnewscale,stringr,dplyr,rlist,pheatmap,Biostrings,IRanges,BiocGenerics(> = 0.36.1),ggtree
链接
建议	knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	LinTInd_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	LinTInd_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64)	LinTInd_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/LinTInd
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ LinTInd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/LinTInd/
包下载报告	下载数据