IsoGeneGUI

DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoGeneGUI

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅IsoGeneGUI。

一个图形用户界面进行剂量反应分析微阵列数据

Bioconductor版本:3.15

IsoGene图形用户界面(IsoGene-GUI)是一个用户友好的界面IsoGene包的目的是识别基因表达水平与单调趋势对增加剂量。此外,GUI的扩展原始包包含各种工具来执行聚类的剂量反应。测试是通过一些测试数据:全球似然比检验(E2), 1961年巴塞洛缪,巴洛et al . 1972和罗伯逊et al . 1988),威廉姆斯(1971、1972),马库斯(1976),M(胡锦涛等人。2005)和修改后的M(林et al . 2007年)。全球的假定值似然比检验(E2)获得使用确切的分布和排列。其他四个测试统计数据获得使用排列。几个假定值调整提供:Bonferroni,霍姆(1979),业务(1988),和Sidak程序控制family-wise I型错误率(弗兰克-威廉姆斯),和BH业务(Benjamini和1995)和(2001年Benjamini和Yekutieli)程序用于控制罗斯福。推理是基于重采样方法,控制错误发现率(罗斯福)的排列(Ge et al ., 2003)和意义的分析微阵列(山姆,獠牙et al ., 2001)。聚类方法是外包从凹口包ORCME ORIClust。包ORCME基于delta-clustering方法(Cheng和教堂,2000)和ORIClust限制信息准则(刘et al ., 2009),执行相同的任务,但从不同的角度和他们的输出是集群的基因。此外,基于广义ORIC概要选择给定基因(柯伊伯et al ., 2014)从包goric和排列测试基于包的E2 orQA都包含在IsoGene-GUI。 None of these four packages has GUI.

作者:Setia Pramana,丹林,菲利普·哈德曼托拜厄斯韦贝克(马丁Otava

维护人员:Setia Pramana < Setia。在ki.se pramana >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“IsoGeneGUI”)

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文档

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PDF	R脚本	IsoGeneGUI装饰图案
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,GUI,微阵列,软件
版本	2.31.0
Bioconductor自	BioC 2.7 (r - 2.12)(12年)
许可证	GPL-2
取决于	tcltk,xlsx
进口	Rcpp,tkrplot,乘,relimp,geneplotter,RColorBrewer,Iso,IsoGene,ORCME,ORIClustorQA,goric,ff,Biobase,jpeg
链接
建议	RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	http://ibiostat.be/online-resources/online-resources/isogenegui/isogenegui-package
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	IsoGeneGUI_2.31.0.tar.gz
Windows二进制	IsoGeneGUI_2.31.0.zip
macOS二进制(x86_64)	IsoGeneGUI_2.31.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IsoGeneGUI
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IsoGeneGUI
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IsoGeneGUI/
包下载报告	下载数据