首次公开募股

DOI:10.18129 / B9.bioc.IPO

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅首次公开募股。

XCMS数据处理参数的自动优化

Bioconductor版本:3.15

XCMS数据处理的结果很大程度上取决于参数设置。IPO (“Isotopologue参数优化”)是一个参数优化工具,适用于不同类型的样本和液相色谱与高分辨率质谱装置,快速和无标签的步骤。IPO使用自然、稳定的13 c同位素峰值计算分数。保留时间校正优化通过最小化的相对保留时间差异特性和分组参数优化通过最大化功能显示一个峰的数量从每个注入的样品池。不同的参数设置是通过实验设计来实现。利用响应面模型所得的分数评价。

作者:贡纳Libiseller <贡纳。Libiseller joanneum。>,Christoph磁石,<克里斯托弗。在joanneum磁石。托马斯Riebenbauer < >。在joanneum.at Riebenbauer >

维护人员:托马斯Riebenbauer <托马斯。在joanneum.at Riebenbauer >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“上市”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“上市”)

HTML	R脚本	XCMS参数优化与IPO(首次公开募股)
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	GPL(> = 2) +文件许可证
取决于	xcms(> = 1.50.0),rsm,相机、grDevices图形、属性、跑龙套
进口	BiocParallel
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,msdata,mtbls2,faahKO,knitr
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/rietho/IPO
BugReports	https://github.com/rietho/IPO/issues/new
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	IPO_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	IPO_1.22.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	IPO_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IPO
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ IPO(首次公开募股)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/IPO/
包下载报告	下载数据