HiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCcompare

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HiCcompare。

HiCcompare:联合规范化和多个高c数据集的比较分析

Bioconductor版本:3.15

HiCcompare为关节提供功能正常化和差分检测在多个高c数据集。HiCcompare的形式作用于高c数据处理chromosome-specific染色质交互矩阵。它接受三列的制表符分隔的文本文件存储染色质交互矩阵稀疏矩阵的格式可从几个来源。HiCcompare旨在给用户的能力来执行比较分析的三维结构基因组的细胞在不同的生理状态。“HiCcompare”不同于其他包,试图比较,它适用于处理高c数据数据在染色质交互矩阵代替预处理的测序数据格式。此外,“HiCcompare”提供了一种非参数方法联合规范化和删除两个高c数据集之间的偏差比较分析的目的。“HiCcompare”还提供了一个简单而强大的方法检测高c数据集之间的差异。

作者:约翰·斯坦斯菲尔德< stansfieldjc vcu.edu >,凯伦Cresswell < cresswellkg vcu.edu >,米哈伊尔•Dozmorov <米哈伊尔。在vcuhealth.org dozmorov >

维修工:约翰•史坦斯费尔德< stansfieldjc vcu.edu >,米哈伊尔•Dozmorov <米哈伊尔。在vcuhealth.org dozmorov >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HiCcompare”)

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文档

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HTML	R脚本	HiCcompare使用装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	嗝,归一化,测序,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),dplyr
进口	data.table,ggplot2,gridExtra,mgcv统计数据,InteractionSet,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,BiocParallel,QDNAseq,KernSmooth、方法、跑龙套、图形pheatmap,gtools,rhdf5
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,multiHiCcompare
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare/issues
取决于我
进口我	multiHiCcompare,SpectralTAD,TADCompare
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HiCcompare_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	HiCcompare_1.18.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	HiCcompare_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCcompare
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HiCcompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCcompare/
包下载报告	下载数据