GenomicInteractions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicInteractions

实用程序来处理基因交互数据

Bioconductor版本:3.15

公用事业等处理基因交互数据ChIA-PET或高c,基因组功能注释和交互信息,生产计划和总结统计。

作者:Harmston N。Ing-Simmons E。佩里,M。,Baresic, A., Lenhard, B.

维修工:利兹Ing-Simmons <利兹。在gmail.com ingsimmons >

从内部引用(R,回车引用(“GenomicInteractions”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicInteractions”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicInteractions”)

HTML R脚本 chiapet_vignette.html
HTML R脚本 GenomicInteractions-HiC
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,DataRepresentation,,基础设施,软件
版本 1.30.0
Bioconductor自 BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.5),InteractionSet
进口 Rsamtools,rtracklayer,GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges,BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table,stringr,GenomeInfoDb,ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph,S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr,Gviz,Biobase、图表、数据、grDevices跑龙套
链接
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/
取决于我
进口我 CAGEfightR,extraChIPs,HiCDCPlus,spatzie
建议我 芝加哥,埃尔默,sevenC
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 GenomicInteractions_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicInteractions_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64) GenomicInteractions_1.30.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicInteractions
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/
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