GenomicInteractions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicInteractions。

实用程序来处理基因交互数据

Bioconductor版本:3.15

公用事业等处理基因交互数据ChIA-PET或高c,基因组功能注释和交互信息,生产计划和总结统计。

作者:Harmston N。Ing-Simmons E。佩里,M。,Baresic, A., Lenhard, B.

维修工:利兹Ing-Simmons <利兹。在gmail.com ingsimmons >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicInteractions”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GenomicInteractions”)

HTML	R脚本	chiapet_vignette.html
HTML	R脚本	GenomicInteractions-HiC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,嗝,基础设施,软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),InteractionSet
进口	Rsamtools,rtracklayer,GenomicRanges(> = 1.29.6),IRanges,BiocGenerics(> = 0.15.3),data.table,stringr,GenomeInfoDb,ggplot2、网格gridExtra、方法、igraph,S4Vectors(> = 0.13.13),dplyr,Gviz,Biobase、图表、数据、grDevices跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/
取决于我
进口我	CAGEfightR,extraChIPs,HiCDCPlus,spatzie
建议我	芝加哥,埃尔默,sevenC
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GenomicInteractions_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicInteractions_1.30.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GenomicInteractions_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicInteractions
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/
包下载报告	下载数据