这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicDataCommons。
Bioconductor版本:3.15
以编程方式访问美国国立卫生研究院/ NCI基因组数据共享rest式服务。
作者:马丁·摩根(aut),肖恩·戴维斯(aut (cre),马塞尔•拉莫斯(施)
维护人员:肖恩·戴维斯在gmail.com < seandavi >
从内部引用(R,回车引用(“GenomicDataCommons”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicDataCommons”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GenomicDataCommons”)
HTML | R脚本 | 介绍访问NCI基因组数据共享 |
HTML | R脚本 | 从多年的问题和答案 |
HTML | R脚本 | 体细胞突变数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataImport,测序,软件 |
版本 | 1.20.3 |
Bioconductor自 | BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (> = 3.4.0),magrittr |
进口 | 统计数据,httr,xml2,jsonlite跑龙套,rlang,readr,GenomicRanges,IRanges,dplyr,rappdirs,宠物猫 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,DT,testthat,列表视图,ggplot2,GenomicAlignments,Rsamtools,BiocParallel,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,VariantAnnotation,maftools,R.utils,data.table |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDataCommonshttp://github.com/Bioconductor/GenomicDataCommons |
BugReports | https://github.com/Bioconductor/GenomicDataCommons/issues/new |
取决于我 | |
进口我 | GDCRNATools,TCGAutils |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | GenomicDataCommons_1.20.3.tar.gz |
Windows二进制 | GenomicDataCommons_1.20.3.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | GenomicDataCommons_1.20.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicDataCommons |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicDataCommons |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicDataCommons/ |
包下载报告 | 下载数据 |