EWCE

DOI:10.18129 / B9.bioc.EWCE

这个包是Bioconductor的3.15版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅EWCE。

表达加权Celltype浓缩

Bioconductor版本:3.15

用来确定哪些类型的细胞内丰富基因列表。包提供了工具测试充实在简单的基因列表(如人类疾病相关基因)和微分表达式产生的那些研究。包不依赖于任何特定的单细胞转录组数据集和用户定义的数据集可以加载和使用的分析。

作者:艾伦·墨菲(cre)布莱恩席尔德(aut),内森斯基恩(aut)

维修工:艾伦·墨菲在hotmail.com < alanmurph94 >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EWCE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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细节

biocViews	BiomedicalInformatics,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,微阵列,OneChannel,蛋白质组学,RNASeq,SingleCell,软件,转录,可视化,mRNAMicroarray
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),RNOmni(> = 1.0)
进口	统计,跑龙套、方法ewceData,dplyr,ggplot2,reshape2,limma,stringr,HGNChelper,矩阵平行,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,DelayedArray,BiocParallel,orthogene(> = 0.99.8),data.table
链接
建议	遥控器,knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0),readxl,memoise,减价,sctransform,DESeq2,桅杆,DelayedMatrixStats,cowplot,ggdendro、grDevices、网格gridExtra,尺度,魔法,獾
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/NathanSkene/EWCE
BugReports	https://github.com/NathanSkene/EWCE/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EWCE_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	EWCE_1.4.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	EWCE_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EWCE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EWCE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EWCE/
包下载报告	下载数据