埃尔默

DOI:10.18129 / B9.bioc.ELMER

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅埃尔默。

推断监管元素使用癌症Methylomes风景和转录因子网络

Bioconductor版本:3.15

埃尔默的目的是利用DNA甲基化和基因表达从大量样本中infere监管元素在主要景观和转录因子网络组织。

作者:蒂亚戈Chedraoui席尔瓦(aut (cre),丽江姚明(aut),西蒙Coetzee (aut),妮可海鸥(施),回族沈(施),彼得Laird[所有],佩吉·萨利(aut) Dechen李(施),本杰明·伯曼(aut)

维修工:蒂亚戈Chedraoui席尔瓦< tiagochst在usp.br >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(ELMER)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (ELMER)

HTML	R脚本	1 -埃尔默v。2:一个R / Bioconductor包重建基因调控网络从DNA甲基化和转录组的概要文件
HTML	R脚本	11 -埃尔默:用例
HTML	R脚本	2 -简介:输入数据
HTML	R脚本	3.1 -数据输入创建美对象
HTML	R脚本	3.2 -识别差异甲基化探针
HTML	R脚本	3.3 -识别假定的probe-gene双
HTML	R脚本	3.4 -主题浓缩分析选定的探针
HTML	R脚本	3.5 -确定监管TFs
HTML	R脚本	3.6 - TCGA。管:埃尔默,TCGA数据以紧凑的方式运行
HTML	R脚本	4.1 -散点图
HTML	R脚本	4.2 -原理图
HTML	R脚本	4.3 -主题浓缩的阴谋
HTML	R脚本	4.4 -监管TF情节
HTML	R脚本	4.5 -热图情节
HTML	R脚本	5 -综合分析车间TCGAbiolinks和埃尔默分析GUI
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细节

biocViews	DNAMethylation,GeneExpression,GeneRegulation,MotifAnnotation,网络,软件,转录
版本	2.20.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4.0),ELMER.data(> = 2.9.3)
进口	GenomicRanges,ggplot2,重塑、网格grDevices、图形方法,平行,统计,跑龙套,IRanges,GenomeInfoDb,S4Vectors,GenomicFeatures,TCGAbiolinks(> = 2.23.7),plyr,矩阵,dplyr,Gviz,ComplexHeatmap,circlize,MultiAssayExperiment,SummarizedExperiment,biomaRt,doParallel,下载器,ggrepel,晶格,magrittr,readr,尺度,房车,xml2,情节,gridExtra,rmarkdown,stringr,宠物猫,tidyr,进步,purrr,reshape2,ggpubr,rtracklayer,DelayedArray
链接
建议	BiocStyle,AnnotationHub,ExperimentHub,knitr,testthat,data.table,DT,GenomicInteractions,webshot,R.utils,covr,sesameData
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	TCGAbiolinksGUI,TCGAWorkflow
建议我
我的链接
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包档案

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源包	ELMER_2.20.0.tar.gz
Windows二进制	ELMER_2.20.0.zip
macOS二进制(x86_64)	ELMER_2.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ELMER
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/埃尔默
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ELMER/
包下载报告	下载数据