DropletUtils

DOI:10.18129 / B9.bioc.DropletUtils

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DropletUtils。

实用程序来处理单细胞滴数据

Bioconductor版本:3.15

提供了大量的实用函数处理单细胞(RNA-seq)数据从液滴技术如10 x基因组学。这包括数据加载数矩阵或分子信息文件,识别细胞空滴,切除barcode-swapped pseudo-cells,并将采样数矩阵。

作者:亚伦Lun (aut),乔纳森•格里菲斯(施,cre)戴维斯麦卡锡(施),Rob Patro Dongze他[所有],[所有]

维修工:乔纳森·格里菲思< jonathan.griffiths。94年gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DropletUtils”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DropletUtils”)

HTML	R脚本	实用程序来处理droplet-based单细胞RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道,DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	SingleCellExperiment
进口	跑龙套、属性、方法矩阵,Rcpp,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment,BiocParallel,DelayedArray,DelayedMatrixStats,HDF5Array,rhdf5,刨边机,R.utils,dqrng,beachmat,天窗
链接	Rcpp,beachmat,Rhdf5lib,黑洞,dqrng,天窗
建议	testthat,knitr,BiocStyle,rmarkdown,jsonlite,DropletTestFiles
SystemRequirements	GNU c++ 11日
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA.intro OSCA。multisample, OSCA.workflows
进口我	scCB2,singleCellTK,猎犬,SpatialExperiment
建议我	DropletTestFiles,mumosa,muscData,Nebulosa
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DropletUtils_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	DropletUtils_1.16.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DropletUtils_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DropletUtils
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DropletUtils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DropletUtils/
包下载报告	下载数据