剂量
DOI:10.18129 / B9.bioc.DOSE
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅剂量。
疾病本体语义和富集分析
Bioconductor版本:3.15
这个包实现了蕾斯尼克提出的五个方法,分别Schlicker,江,林和王之间的语义相似性测量条款和基因产物。富集分析包括超几何模型和基因集富集分析也发现疾病的关联实现高通量生物数据。
作者:Guangchuang Yu (aut (cre),李亘王(施),弗拉季斯拉夫•Petyuk[所有],乔凡尼达尔奥廖[所有],Erqiang胡(施)
维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“剂量”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“剂量”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“剂量”)
| HTML | R脚本 | 剂量 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,软件,可视化 |
| 版本 | 3.22.1 |
| Bioconductor自 | BioC 2.9 (r - 2.14)(11年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.5.0) |
| 进口 | AnnotationDbi,BiocParallel,DO.db,fgsea,ggplot2,GOSemSim(> = 2.0.0)、方法qvalue,reshape2统计,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | prettydoc,clusterProfiler,knitr,rmarkdown,org.Hs.eg.db,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/ |
| BugReports | https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | bioCancer,clusterProfiler,debrowser,eegc,enrichplot,GDCRNATools,MAGeCKFlute,网格,miRspongeR,MoonlightR,pareg,Pigengene,ReactomePA,RegEnrich,RNASeqR,scTensor,signatureSearch |
| 建议我 | 可乐,GOSemSim,GRaNIE,rrvgo,scGPS,simplifyEnrichment |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | DOSE_3.22.1.tar.gz |
| Windows二进制 | DOSE_3.22.1.zip |
| macOS二进制(x86_64) | DOSE_3.22.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/剂量 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DOSE/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
