DESeq2
DOI:
10.18129 / B9.bioc.DESeq2
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DESeq2。
差异基因表达分析基于负二项分布
Bioconductor版本:3.15
估计variance-mean依赖在计数高通量测序数据分析和测试基于模型的微分表达式使用负二项分布。
作者:迈克尔·爱(aut (cre),江诗丹顿Ahlmann-Eltze[所有],夸梅·福布斯(施),西蒙·安德斯(aut,施莱),沃尔夫冈·胡贝尔(aut,施莱),辐射欧盟FP7(曾经)之下,NIH NHGRI(曾经),CZI(曾经)
维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DESeq2”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
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browseVignettes (“DESeq2”)
细节
| biocViews |
贝叶斯,ChIPSeq,聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,归一化,PrincipalComponent,RNASeq,回归,测序,软件,转录 |
| 版本 |
1.36.0 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年) |
| 许可证 |
LGPL (> = 3) |
| 取决于 |
S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.1.6) |
| 进口 |
BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase,BiocParallel,genefilter、方法、stats4locfit,geneplotter,ggplot2,Rcpp(> = 0.11.0)它 |
| 链接 |
Rcpp,RcppArmadillo |
| 建议 |
testthat,knitr,rmarkdown,vsn,pheatmap,RColorBrewer,apeglm,ashr,tximport,tximeta,tximportData,readr,pbapply,气道,pasilla(> = 0.2.10),glmGamPoi,BiocManager |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
https://github.com/mikelove/DESeq2 |
| 取决于我 |
DEWSeq,DEXSeq,metaseqR2,rgsepd,rnaseqDTU,rnaseqGene,SeqGSEA,移行细胞癌,tRanslatome |
| 进口我 |
Anaquin,微生物,anota2seq,APAlyzer,benchdamic,BloodCancerMultiOmics2017,BRGenomics,CeTF,circRNAprofiler,consensusDE,coseq,countsimQC,DaMiRseq,debrowser,DEComplexDisease,反编排,DEGreport,deltaCaptureC,DEsubs,DiffBind,更容易,EBSEA,eegc,ERSSA,exomePeak2,ExpHunterSuite,FieldEffectCrc,GDCRNATools,GeneTonic,GenoGAM,Glimma,GRaNIE,爱马仕,HTSFilter,icetea,理想的,IHWpaper,检查,感兴趣,isomiRs,kissDE,microbiomeExplorer,microbiomeMarker,MLSeq,multiSight,马斯喀特,NBAMSeq,ORFik,先驱者,PathoStat,pcaExplorer,phantasus,高伦雅芙,recountWorkflow,RegEnrich,regionReport,ReportingTools,RiboDiPA,Rmmquant,RNASeqR,scBFA,scGPS,SEtools,singleCellTK,SNPhood,spatialHeatmap,srnadiff,systemPipeTools,TBSignatureProfiler,TEKRABber,TimeSeriesExperiment,UMI4Cats,vidger,火神 |
| 建议我 |
aggregateBioVar,apeglm,bambu,biobroom,BiocGenerics,BioCor,BiocSet,BioNERO,篮球选手,CAGEWorkflow,compcodeR,curatedAdipoChIP,curatedAdipoRNA,dearseq,derfinder,diffloop,dittoSeq,EDASeq,EnhancedVolcano,EnrichmentBrowser,EWCE,鱼池,fluentGenomics,计,GenomicAlignments,GenomicRanges,glmGamPoi,HiCDCPlus,IHW,InteractiveComplexHeatmap,miRmine,NxtIRFcore,OPWeight,PCAtools,phyloseq,后代,适当的,重新计票,RegParallel,RUVSeq,食物,Single.mTEC.Transcriptomes,麻雀,subSeq,SummarizedBenchmark,systemPipeR,systemPipeShiny,TFEA.ChIP,tidybulk,topconfects,tximeta,tximport,variancePartition,扳手,zinbwave |
| 我的链接 |
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