CytoML

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoML

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CytoML。

一个跨平台的血细胞计数GatingML接口数据共享

Bioconductor版本:3.15

使用特定于平台的implemenations GatingML2.0标准封闭的血细胞计数数据交换与其他软件平台。

作者:迈克江,杰克瓦格纳

维修工:迈克江<迈克在ozette.ai >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CytoML”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CytoML”)

HTML	R脚本	flowJo解析器
HTML	R脚本	如何导出GatingSet GatingML吗
HTML	R脚本	如何导入Cytobank GatingSet
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,ImmunoOncology,软件
版本	2.8.1发布
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	cytolib(> = 2.3.10),flowCore(> = 1.99.10),flowWorkspace(> = 4.1.8),openCyto(> = 1.99.2),XML,data.table,jsonlite,RBGL,Rgraphviz,Biobase、方法、图,图形,跑龙套,base64enc,plyr,dplyr、grDevices、方法ggcyto(> = 1.11.4),yaml,晶格统计数据,corpcor,RUnit,宠物猫,RcppParallel,xml2
链接	Rcpp,黑洞(> = 1.62.0-1),RProtoBufLib,cytolib,Rhdf5lib,RcppArmadillo,RcppParallel(> = 4.4.2-1),flowWorkspace
建议	testthat,flowWorkspaceData,knitr,rmarkdown、并行
SystemRequirements	xml2, GNU C + + 11
增强了
URL	https://github.com/RGLab/CytoML
BugReports	https://github.com/RGLab/CytoML/issues
取决于我
进口我	FlowSOM
建议我	flowWorkspace,openCyto
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CytoML_2.8.1.tar.gz
Windows二进制	CytoML_2.8.1.zip
macOS二进制(x86_64)	CytoML_2.8.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoML
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CytoML
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CytoML/
包下载报告	下载数据