CytoML

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoML

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CytoML

一个跨平台的血细胞计数GatingML接口数据共享

Bioconductor版本:3.15

使用特定于平台的implemenations GatingML2.0标准封闭的血细胞计数数据交换与其他软件平台。

作者:迈克江,杰克瓦格纳

维修工:迈克江<迈克在ozette.ai >

从内部引用(R,回车引用(“CytoML”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CytoML”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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HTML R脚本 flowJo解析器
HTML R脚本 如何导出GatingSet GatingML吗
HTML R脚本 如何导入Cytobank GatingSet
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImport,DataRepresentation,FlowCytometry,ImmunoOncology,软件
版本 2.8.1发布
Bioconductor自 BioC 3.4 (r - 3.3)(6年)
许可证 文件许可证
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 cytolib(> = 2.3.10),flowCore(> = 1.99.10),flowWorkspace(> = 4.1.8),openCyto(> = 1.99.2),XML,data.table,jsonlite,RBGL,Rgraphviz,Biobase、方法、,图形,跑龙套,base64enc,plyr,dplyr、grDevices、方法ggcyto(> = 1.11.4),yaml,晶格统计数据,corpcor,RUnit,宠物猫,RcppParallel,xml2
链接 Rcpp,黑洞(> = 1.62.0-1),RProtoBufLib,cytolib,Rhdf5lib,RcppArmadillo,RcppParallel(> = 4.4.2-1),flowWorkspace
建议 testthat,flowWorkspaceData,knitr,rmarkdown、并行
SystemRequirements xml2, GNU C + + 11
增强了
URL https://github.com/RGLab/CytoML
BugReports https://github.com/RGLab/CytoML/issues
取决于我
进口我 FlowSOM
建议我 flowWorkspace,openCyto
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 CytoML_2.8.1.tar.gz
Windows二进制 CytoML_2.8.1.zip
macOS二进制(x86_64) CytoML_2.8.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoML
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CytoML
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CytoML/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网