这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CellMixS。
Bioconductor版本:3.15
CellMixS提供指标和功能评估批效果、数据集成和批量效应校正与单个细胞单细胞trancriptome数据分辨率。结果可以可视化和总结在不同的水平,如细胞,celltype或数据集的水平。
作者:Almut Lutge (aut (cre)
维护人员:Almut Lutge < Almut。在uzh.ch luetge >
从内部引用(R,回车引用(“CellMixS”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CellMixS”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“CellMixS”)
HTML | R脚本 | 探索数据集成和批处理的效果 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BatchEffect,GeneExpression,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.12.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | kSamplesR (> = 4.0) |
进口 | BiocNeighbors,ggplot2,嘘,冬青,cowplot,SummarizedExperiment,SingleCellExperiment,tidyr,magrittr,dplyr,ggridges统计数据,purrr、方法、BiocParallel,BiocGenerics |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,limma,Rtsne |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/almutlue/CellMixS |
BugReports | https://github.com/almutlue/CellMixS/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | CellMixS_1.12.0.tar.gz |
Windows二进制 | CellMixS_1.12.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | CellMixS_1.12.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellMixS |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CellMixS |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CellMixS/ |
包下载报告 | 下载数据 |