CNVgears

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNVgears

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CNVgears。

一个框架的功能结合,分析和解释基因拷贝数异变调用的结果

Bioconductor版本:3.15

这个包包含一组函数来执行一些类型的处理和分析基因拷贝数异变调用管道/算法结果以集成的方式,无论原始数据类型(snp数组或门店)。它提供函数结合多个CNV调用结果到一个单独的对象,过滤器,计算CNVRs (CNV区域)和继承模式,检测基因的负载等等。包最适合人类家庭群组研究。

作者:西蒙Montalbano (cre, aut)

维护人员:西蒙Montalbano <西蒙。在protonmail.com montalbano >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CNVgears”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CNVgears”)

HTML	R脚本	CNVgears包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	预处理,软件,WorkflowStep
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1),data.table
进口	ggplot2
链接
建议	VariantAnnotation,DelayedArray,knitr,biomaRt,evobiR,rmarkdown,devtools,cowplot,usethis,尺度,testthat,GenomicRanges,cn.mops,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/SinomeM/CNVgears/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNVgears_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	CNVgears_1.4.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CNVgears_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNVgears
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CNVgears
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNVgears/
包下载报告	下载数据