cn

DOI:10.18129 / B9.bioc.CNEr

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cn。

CNE检测和可视化

Bioconductor版本:3.15

大规模的识别和先进的可视化的守恒的非编码元素集。

作者:通用电气Tan < ge_tan live.com >

维护人员:通用电气Tan < ge_tan live.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cn”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cn”)

HTML	R脚本	CNE识别和可视化
HTML	R脚本	成对全基因组排列
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,GeneRegulation,软件,可视化
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(8.5年)
许可证	GPL-2 |文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	Biostrings(> = 2.33.4),DBI(> = 0.7),RSQLite(> = 0.11.4),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),GenomicRanges(> = 1.23.16),rtracklayer(> = 1.25.5),XVector(> = 0.5.4),GenomicAlignments(> = 1.1.9)、方法S4Vectors(> = 0.13.13),IRanges(> = 2.5.27),readr(> = 0.2.2),BiocGenerics、工具、平行reshape2(> = 1.4.1),ggplot2(> =魅惑,poweRlaw(> = 0.60.3),注释(> = 1.50.0),GO.db(> = 3.3.0),R.utils(> = tripwire),KEGGREST(> = 1.14.0)
链接	S4Vectors,IRanges,XVector
建议	Gviz(> = 1.7.4),BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ge11232002/CNEr
BugReports	https://github.com/ge11232002/CNEr/issues
取决于我
进口我	TFBSTools
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CNEr_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	CNEr_1.32.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	CNEr_1.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CNEr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cn
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CNEr/
包下载报告	下载数据