CINdex

DOI:10.18129 / B9.bioc.CINdex

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CINdex。

染色体不稳定指数

Bioconductor版本:3.15

CINdex包地址高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析实验的DNA拷贝数由6.0 Affymetrix SNP数组生成的数据或类似的高通量技术。计算染色体不稳定性(CIN)指数,可以定量地描述全基因组DNA拷贝数改变染色体不稳定性的措施。这个包不仅计算整体基因组不稳定性,但也带来了不稳定性的拷贝数损益单独在染色体和cytoband水平。

作者:雷歌(aut)(创新生物医学信息学中心,乔治敦大学医学中心),Krithika Bhuvaneshwar (aut)(创新生物医学信息学中心,乔治敦大学医学中心),悦王(aut,黑色)(弗吉尼亚理工学院和州立大学),任命冯(aut)(弗吉尼亚理工学院和州立大学),Ie-Ming施(aut)(约翰·霍普金斯大学医学院),苏Madhavan (aut)(创新生物医学信息学中心,乔治敦大学医学中心),看门人尤里古瑟夫(aut (cre)(创新生物医学信息学中心,乔治敦大学医学中心)

维护人员:Yuriy古瑟夫< yg63 georgetown.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CINdex”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CINdex”)

PDF	R脚本	CINdex教程
PDF	R脚本	如何获得Cytoband和染色信息
PDF	R脚本	准备CINdex输入数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,遗传学,GenomicVariation,微阵列,测序,软件,aCGH
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.3),GenomicRanges
进口	bitops,gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院,dplyr,gridExtra,png,stringr,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb、图形数据,跑龙套
链接
建议	knitr,testthat,ReactomePA,RUnit,BiocGenerics,AnnotationHub,rtracklayer,pd.genomewidesnp.6,org.Hs.eg.db,biovizBase,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings,Homo.sapiens,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CINdex_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.24.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CINdex_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CINdex
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CINdex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CINdex/
包下载报告	下载数据