印度豹

DOI:10.18129 / B9.bioc.CHETAH

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅印度豹。

快速和准确scRNA-seq细胞类型识别

Bioconductor版本:3.15

印度豹(描述的细胞类型分层分类的协助下)是一个准确,选择性和快速scRNA-seq分类器。分类是根据数据集的引用,也优先scRNA-seq数据集。层次聚类的参考数据,印度豹创建一个分类树,使步进式,全面的分类。使用新颖的停止规则,印度豹分类输入细胞细胞类型的引用和“中间类型”:更一般的分类,以树的一个中间节点。

作者:Jurrian德•坎特(aut (cre),菲利普Lijnzaad (aut)

维护人员:Jurrian德坎特< jurriandekanter gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“印度豹”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes(“印度豹”)

HTML	R脚本	介绍了印度豹包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,SingleCell,软件
版本	1.12.1
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.2),ggplot2,SingleCellExperiment
进口	闪亮的,情节,pheatmap,bioDist,dendextend,cowplot,corrplotgrDevices,统计数据、图形、reshape2,S4Vectors,SummarizedExperiment
链接
建议	knitr,rmarkdown,矩阵,testthat,vdiffr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jdekanter/CHETAH
BugReports	https://github.com/jdekanter/CHETAH
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CHETAH_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	CHETAH_1.12.1.zip
macOS二进制(x86_64)	CHETAH_1.12.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CHETAH
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/印度豹
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CHETAH/
包下载报告	下载数据