BiGGR

DOI:10.18129 / B9.bioc.BiGGR

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BiGGR。

基于约束的建模在R使用代谢重建数据库

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了一个接口来模拟代谢从节目数据库重建(http://bigg.ucsd.edu/)和其他代谢重建数据库。包促进通量平衡分析(FBA)和可行的通量分布的抽样。代谢网络和估计通量可以用超图可视化。

作者:汉斯·Hettling阿南德•k•Gavai

维修工:Anand k Gavai <阿南德。在生物信息学gavai。问>,汉斯·Hettling < Hannes。在naturalis.nl hettling >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BiGGR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BiGGR”)

PDF	R脚本	BiGGR
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork,代谢组学,网络,通路,软件,系统生物学,可视化
版本	1.32.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 2.14.0),rsbml,hyperdraw,LIM,stringr
进口	超图,limSolve
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BiGGR_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	BiGGR_1.32.0.zip
macOS二进制(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BiGGR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BiGGR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BiGGR/
包下载报告	下载数据