这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BayesSpace。
Bioconductor版本:3.15
聚类的工具,提高空间分辨率的基因表达实验。BayesSpace集群的低维表示基因表达矩阵,将一个空间之前鼓励邻近的点聚集在一起。的方法可以提高分辨率低维表示成“sub-spots”,如基因表达和细胞类型的功能成分可以估算。
作者:爱德华赵(aut),马特•斯通(aut (cre)邢任(施),拉斐尔Gottardo(施)
维护人员:马特斯通< mstone fredhutch.org >
从内部引用(R,回车引用(“BayesSpace”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BayesSpace”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“BayesSpace”)
HTML | R脚本 | BayesSpace |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 聚类,DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件,转录组 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(2年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.0.0),SingleCellExperiment |
进口 | Rcpp(> = 1.0.4.6),统计数据,purrr,嘘,食物,SummarizedExperiment,coda,rhdf5,S4Vectors,矩阵,为了,mclust,RCurl,DirichletReg,xgboost跑龙套,ggplot2,尺度,BiocFileCache,BiocSingular |
链接 | Rcpp,RcppArmadillo,RcppDist,RcppProgress |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,igraph,spatialLIBD,dplyr,冬青,拼接而成,RColorBrewer,修拉 |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | edward130603.github.io / BayesSpace |
BugReports | https://github.com/edward130603/BayesSpace/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | BayesSpace_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | BayesSpace_1.6.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | BayesSpace_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BayesSpace |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BayesSpace |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/BayesSpace/ |
包下载报告 | 下载数据 |