AnnotationHub
DOI:
10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationHub。
客户端访问AnnotationHub资源
Bioconductor版本:3.15
这个包提供了一个客户Bioconductor AnnotationHub web资源。基因组AnnotationHub web资源提供了一个中央位置的文件(例如,VCF、床、假发)和其他资源从标准位置(例如,UCSC的运用)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据,例如,文本描述,标签,和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存文件检索的用户,帮助快速和可再生的访问。
作者:Bioconductor包维护者(cre),马丁•摩根(aut)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],瓦莱丽Oberchain[所有],凯拉莫雷尔[所有],Lori牧羊人(aut)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“AnnotationHub”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationHub”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“AnnotationHub”)
细节
| biocViews |
DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient |
| 版本 |
3.4.0 |
| Bioconductor自 |
BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1) |
| 进口 |
grDevices跑龙套、方法,RSQLite,BiocManager,BiocVersion,旋度,rappdirs,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors,interactiveDisplayBase,httr,yaml,dplyr |
| 链接 |
|
| 建议 |
IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,VariantAnnotation,Rsamtools,rtracklayer,BiocStyle,knitr,AnnotationForge,rBiopaxParser,RUnit,GenomicFeatures,MSnbase,mzR,Biostrings,SummarizedExperiment,ExperimentHub,gdsfmt,rmarkdown,HubPub |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
AnnotationHubData |
| URL |
|
| BugReports |
https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues |
| 取决于我 |
adductomicsR,注释,AnnotationHubData,EpiTxDb.Hs.hg38,EpiTxDb.Mm.mm10,EpiTxDb.Sc.sacCer3,EuPathDB,ExperimentHub,GenomicState,hipathia,ipdDb,LRcell,MetaGxBreast,MetaGxOvarian,NestLink,org.Mxanthus.db,PANTHER.db,phastCons30way.UCSC.hg38,ProteomicsAnnotationHubData,rGenomeTracksData,测序,sesameData,synaptome.data,鞑靼,UCSCRepeatMasker |
| 进口我 |
adductData,AHLRBaseDbs,AHMeSHDbs,AHPathbankDbs,AHPubMedDbs,AHWikipathwaysDbs,alpineData,alternativeSplicingEvents.hg19,alternativeSplicingEvents.hg38,annotatr,atena,BioImageDbs,biscuiteerData,celldex,chipseqDBData,circRNAprofiler,coMethDMR,cTRAP,curatedMetagenomicData,curatedTBData,curatedTCGAData,customCMPdb,depmap,dmrseq,DropletTestFiles,easierData,ENmix,EpiCompare,FieldEffectCrc,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,GenomicDistributionsData,GenomicScores,grasp2db,GSEABenchmarkeR,gwascat,HCAData,HMP16SData,HMP2Data,MACSr,mcsurvdata,网格,metaboliteIDmapping,MetaGxPancreas,MethReg,msigdb,MSnID,NxtIRFcore,食人魔,ontoProc,psichomics,pwOmics,regutools,REMP,restfulSE,RLHub,RLSeq,scanMiRApp,scAnnotatR,scmeth,scpdata,scRNAseq,scTensor,SingleCellMultiModal,spatialLIBD,synaptome.db,TabulaMurisSenisData,TCGAWorkflow,TENxBrainData,TENxBUSData,TENxPBMCData,TSRchitect,肺结核,tximeta,Ularcirc |
| 建议我 |
AHEnsDbs,BgeeCall,BioPlex,芝加哥,ChIPpeakAnno,CINdex,clusterProfiler,CNVRanger,可可,CTCF,DNAshapeR,dupRadar,埃尔默,ENCODExplorerData,ensembldb,epimutacions,epiNEM,EpiTxDb,epivizrChart,epivizrData,excluderanges,GenomicRanges,Glimma,GOSemSim,gwascatData,HarmonizedTCGAData,微波激射器,米拉,MSnbase,multicrispr,nullranges,ontoProcData,OrganismDbi,plotgardener,recountmethylation,土星,TCGAbiolinks,TCGAutils,VariantAnnotation,xcore |
| 我的链接 |
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| 构建报告 |
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