AnnotationHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationHub

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationHub

客户端访问AnnotationHub资源

Bioconductor版本:3.15

这个包提供了一个客户Bioconductor AnnotationHub web资源。基因组AnnotationHub web资源提供了一个中央位置的文件(例如,VCF、床、假发)和其他资源从标准位置(例如,UCSC的运用)可以被发现。资源包括关于每个资源的元数据,例如,文本描述,标签,和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存文件检索的用户,帮助快速和可再生的访问。

作者:Bioconductor包维护者(cre),马丁•摩根(aut)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],瓦莱丽Oberchain[所有],凯拉莫雷尔[所有],Lori牧羊人(aut)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“AnnotationHub”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationHub”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“AnnotationHub”)

HTML R脚本 AnnotationHub: AnnotationHub Web服务的访问
HTML R脚本 AnnotationHub: AnnotationHub如何
HTML R脚本 故障诊断的中心
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本 3.4.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenerics(> = 0.15.10),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口 grDevices跑龙套、方法,RSQLite,BiocManager,BiocVersion,旋度,rappdirs,AnnotationDbi(> = 1.31.19),S4Vectors,interactiveDisplayBase,httr,yaml,dplyr
链接
建议 IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,VariantAnnotation,Rsamtools,rtracklayer,BiocStyle,knitr,AnnotationForge,rBiopaxParser,RUnit,GenomicFeatures,MSnbase,mzR,Biostrings,SummarizedExperiment,ExperimentHub,gdsfmt,rmarkdown,HubPub
SystemRequirements
增强了 AnnotationHubData
URL
BugReports https://github.com/Bioconductor/AnnotationHub/issues
取决于我 adductomicsR,注释,AnnotationHubData,EpiTxDb.Hs.hg38,EpiTxDb.Mm.mm10,EpiTxDb.Sc.sacCer3,EuPathDB,ExperimentHub,GenomicState,hipathia,ipdDb,LRcell,MetaGxBreast,MetaGxOvarian,NestLink,org.Mxanthus.db,PANTHER.db,phastCons30way.UCSC.hg38,ProteomicsAnnotationHubData,rGenomeTracksData,测序,sesameData,synaptome.data,鞑靼,UCSCRepeatMasker
进口我 adductData,AHLRBaseDbs,AHMeSHDbs,AHPathbankDbs,AHPubMedDbs,AHWikipathwaysDbs,alpineData,alternativeSplicingEvents.hg19,alternativeSplicingEvents.hg38,annotatr,atena,BioImageDbs,biscuiteerData,celldex,chipseqDBData,circRNAprofiler,coMethDMR,cTRAP,curatedMetagenomicData,curatedTBData,curatedTCGAData,customCMPdb,depmap,dmrseq,DropletTestFiles,easierData,ENmix,EpiCompare,FieldEffectCrc,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,GenomicDistributionsData,GenomicScores,grasp2db,GSEABenchmarkeR,gwascat,HCAData,HMP16SData,HMP2Data,MACSr,mcsurvdata,网格,metaboliteIDmapping,MetaGxPancreas,MethReg,msigdb,MSnID,NxtIRFcore,食人魔,ontoProc,psichomics,pwOmics,regutools,REMP,restfulSE,RLHub,RLSeq,scanMiRApp,scAnnotatR,scmeth,scpdata,scRNAseq,scTensor,SingleCellMultiModal,spatialLIBD,synaptome.db,TabulaMurisSenisData,TCGAWorkflow,TENxBrainData,TENxBUSData,TENxPBMCData,TSRchitect,肺结核,tximeta,Ularcirc
建议我 AHEnsDbs,BgeeCall,BioPlex,芝加哥,ChIPpeakAnno,CINdex,clusterProfiler,CNVRanger,可可,CTCF,DNAshapeR,dupRadar,埃尔默,ENCODExplorerData,ensembldb,epimutacions,epiNEM,EpiTxDb,epivizrChart,epivizrData,excluderanges,GenomicRanges,Glimma,GOSemSim,gwascatData,HarmonizedTCGAData,微波激射器,米拉,MSnbase,multicrispr,nullranges,ontoProcData,OrganismDbi,plotgardener,recountmethylation,土星,TCGAbiolinks,TCGAutils,VariantAnnotation,xcore
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 AnnotationHub_3.4.0.tar.gz
Windows二进制 AnnotationHub_3.4.0.zip
macOS二进制(x86_64) AnnotationHub_3.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationHub
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationHub
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationHub/
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