- 家
- Bioconductor 3.15
- 软件包
- AnnotationForge
AnnotationForge
DOI:10.18129 / B9.bioc.AnnotationForge
这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AnnotationForge。
构建工具SQLite-based注释数据包
Bioconductor版本:3.15
提供了代码生成注释的包和他们的数据库。生产的目的是用于AnnotationDbi包。
作者:马克•卡尔森Herve页面
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“AnnotationForge”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AnnotationForge”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“AnnotationForge”)
| R脚本 | AnnotationForge:创建选择界面自定义注释资源 | |
| R脚本 | 创建探测包 | |
| HTML | R脚本 | 制造新的生物包 |
| R脚本 | SQLForge:一个简单的方法来创建一个新的注释包与一个标准的数据库模式。 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 注释,基础设施,软件 |
| 版本 | 1.38.1 |
| Bioconductor自 | BioC 2.11 (r - 2.15)(10年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(> = 3.5.0)、方法、效用,BiocGenerics(> = 0.15.10),Biobase(> = 1.17.0),AnnotationDbi(> = 1.33.14) |
| 进口 | DBI,RSQLite,XML,S4Vectors,RCurl |
| 链接 | |
| 建议 | biomaRt,httr,GenomeInfoDb(> = 1.17.1),Biostrings,affy,hgu95av2.db,human.db0,org.Hs.eg.db,Homo.sapiens,GO.db,减价,BiocStyle,knitr,BiocManager,BiocFileCache |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge |
| BugReports | https://github.com/Bioconductor/AnnotationForge/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | AnnotationHubData,GGHumanMethCancerPanelv1.db,GOstats,ViSEAGO |
| 建议我 | AnnotationDbi,AnnotationHub |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | AnnotationForge_1.38.1.tar.gz |
| Windows二进制 | AnnotationForge_1.38.1.zip |
| macOS二进制(x86_64) | AnnotationForge_1.38.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AnnotationForge |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AnnotationForge |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/AnnotationForge/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
