ATACseqQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ATACseqQC

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ATACseqQC。

ATAC-seq质量控制

Bioconductor版本:3.15

ATAC-seq Transposase-Accessible染色质的鉴定使用排序,染色质易访问性是一个快速和敏感的方法分析。它被开发作为一种替代方法MNase-seq, FAIRE-seq DNAse-seq。其他方法比较,ATAC-seq需要较少数量的生物样品和时间来处理。在分析的过程中几个ATAC-seq数据集产生在我们的实验室中,我们学习了一些独特的方面为ATAC-seq数据质量评估。帮助用户快速评估他们是否ATAC-seq实验成功,我们开发了ATACseqQC包部分遵循指南2013年发表在《自然方法(et al。”),包括诊断的情节片段大小分布,线粒体读取比例、核小体定位模式,和CTCF或其他转录因子的足迹。

作者:Jianhong Ou,叫海波刘冯,小君,米歇尔·Kelliher卢西奥卡斯蒂利亚,内森·劳森丽华朱莉朱

维护人员:Jianhong Ou <,或者在duke.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ATACseqQC”)

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文档

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HTML	R脚本	ATACseqQC装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,报道,DNASeq,GeneRegulation,ImmunoOncology,NucleosomePositioning,质量控制,测序,软件
版本	1.20.2
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0),BiocGenerics,S4Vectors
进口	BSgenome,Biostrings,ChIPpeakAnno,IRanges,GenomicRanges,GenomicAlignments,GenomeInfoDb,GenomicScores、图形、网格limma,Rsamtools(> = 1.31.2),randomForest,rtracklayer统计数据,motifStack,preseqR跑龙套,KernSmooth,刨边机
链接
建议	BiocStyle,knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,phastCons100way.UCSC.hg19,MotifDb,trackViewer,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我	NADfinder
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ATACseqQC_1.20.2.tar.gz
Windows二进制	ATACseqQC_1.20.2.zip
macOS二进制(x86_64)	ATACseqQC_1.20.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ATACseqQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ATACseqQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ATACseqQC/
包下载报告	下载数据