ALDEx2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALDEx2

这个包是3.15版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ALDEx2。

微分丰富考虑样本变异分析

Bioconductor版本:3.15

微分丰富分析的比较两个或两个以上的条件。用于分析的数据标准RNA-seq或meta-RNA-seq化验以及选择和从体外序列选择未经选择的值。使用Dirichlet-multinomial模型推断出从数量丰富,优化了实验复制三个或更多。生物和抽样推断方法变化计算预期的错误发现率,考虑到变化,基于Wilcoxon秩和检验和韦尔奇t(通过aldex.ttest),克鲁斯卡尔-沃利斯测试(通过aldex.kw),广义线性模型(通过aldex.glm),或相关测试(通过aldex.corr)。所有测试报告假定值和Benjamini-Hochberg假定值修正。ALDEx2也计算预期的标准化效应大小配对或未配对的研究设计。

作者:安德鲁·费尔南德斯格雷格•Gloor Jean Macklaim阿里亚艾伯特,马特链接,托马斯•奎因佳荣,露丝Grace Wong布兰登Lieng

维护人员:格雷格Gloor < ggloor在uwo.ca >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ALDEx2”)

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文档

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HTML	R脚本	ANOVA-Like微分表达式为高通量测序数据的工具
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,ChIPSeq,DNASeq,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.28.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(8年)
许可证	文件许可证
取决于	方法、统计数据zCompositions
进口	Rfast,BiocParallel,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,SummarizedExperiment,乘
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc
BugReports	https://github.com/ggloor/ALDEx_bioc/issues
取决于我	omicplotR
进口我	benchdamic,microbiomeMarker
建议我	propr
我的链接
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包档案

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源包	ALDEx2_1.28.1.tar.gz
Windows二进制	ALDEx2_1.28.1.zip
macOS二进制(x86_64)	ALDEx2_1.28.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALDEx2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ALDEx2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ALDEx2/
包下载报告	下载数据