TSRchitect

DOI:10.18129 / B9.bioc.TSRchitect

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此包适用于Bioconductor 3.15版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见TSRchitect．

从大规模TSS分析数据中识别启动子

Bioconductor版本:3.15

近年来，大规模的转录序列数据对真核生物基因表达和调控的本质有了相当大的了解。识别mrna 5'端(最著名的是CAGE)的技术已经在许多模式生物中绘制了启动子图谱。由于TSS分布的可变性和数据集中存在的转录噪声，从这些数据集中精确识别基因的活性启动子并不简单。tschitect允许用户从各种TSS分析数据类型中有效地识别假定的启动子(转录起始区域，或TSR)，包括单端(如CAGE)和配对端(RAMPAGE, PEAT, STRIPE-seq)。此外，(1.3.0新版功能)tsarchitect提供了导入对齐的EST和cDNA数据的能力。除了已识别TSRs的坐标外，tsarchitect还计算了形状指数的宽度、丰度和两种形式，并处理生物复制以进行表达分析。最后，tsarchitect导入注释文件，允许用户将识别的启动子与基因和其他基因组特征相关联。用户指南中提供了tsarchitect实用程序的三个详细示例，包含在这个包中。

作者:R. Taylor Raborn [aut, cre, cph] Volker P. Brendel [aut, cph] Krishnakumar Sridharan [ctb]

维护者:R. Taylor Raborn

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，GenomeAnnotation，测序，软件，转录
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)
进口	AnnotationHub，BiocGenerics，BiocParallel，dplyr，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，GenomicRanges，gtools，IRanges、方法、readxl，Rsamtools(> = 1.14.3),rtracklayer，S4Vectors，SummarizedExperiment，工具，utils
链接
建议	ENCODExplorer,ggplot2，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect
BugReports	https://github.com/brendelgroup/tsrchitect/issues
全靠我
进口我
建议我
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包档案

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源包
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TSRchitect
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ tsarchitect
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TSRchitect/
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