Ruvseq

doi:10.18129/b9.bioc.ruvseq

从RNA-Seq数据中删除不需要的变化

生物导体版本:版本(3.15)

该软件包实现了Risso等人的删除不需要的变化(RUV)方法。(2014)用于在样品之间进行RNA-Seq读数的归一化。

作者:Davide Risso [AUT,CRE,CPH],Sandrine Dudoit [aut],Lorena Pantano [CTB],Kamil Slowikowski [CTB]

维护者:davide risso

引用(从r内,输入引用(“ ruvseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ ruvseq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ ruvseq”)

PDF R脚本 RUVSEQ:从RNA-Seq数据中删除不需要的变化
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 差异性,,,,免疫学,,,,预处理,,,,rnaseq,,,,软件
版本 1.30.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(8年)
执照 艺术2.0
要看 生物酶,,,,EDASEQ(> = 1.99.1),EDGER
进口 方法,大量的
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rcolorbrewer,,,,斑马鱼,,,,deseq2
系统要求
增强
URL https://github.com/drisso/ruvseq
BugReports https://github.com/drisso/ruvseq/issues
取决于我 rnaseqgene
进口我 共识,,,,RibosomeProfilingQC,,,,烤饼
建议我 DESCAN2
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 ruvseq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 ruvseq_1.30.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) ruvseq_1.30.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ruvseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/ruvseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/ruvseq/
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