EDASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.EDASeq

此包适用于Bioconductor 3.15版;有关稳定的最新发布版本，请参见EDASeq．

RNA-Seq的探索性数据分析和归一化

Bioconductor版本:3.15

RNA-Seq读取数据的数值和图形摘要。用于调整gc含量对读取计数的影响(或其他基因水平效应)的巷内归一化程序:黄土稳健局部回归、全局标度和全分位数归一化(Risso等，2011)。调整车道间分布差异(例如，排序深度)的车道间归一化程序:全局尺度和全分位数归一化(布拉德等人，2010年)。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。Davide在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EDASeq”)

超文本标记语言	R脚本	EDASeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	2.30.0
在Bioconductor	BioC 2.9 (R-2.14)(11年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42)
进口	方法、图形BiocGenerics,IRanges(> = 1.13.9),aroma.light,Rsamtools(> = 1.5.75),biomaRt,Biostrings,AnnotationDbi,GenomicFeatures,GenomicRanges,BiocManager
链接
建议	BiocStyle,knitr,yeastRNASeq,leeBamViews,刨边机,KernSmooth,testthat,DESeq2,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/EDASeq
BugReports	https://github.com/drisso/EDASeq/issues
全靠我	RUVSeq
进口我	consensusDE,DaMiRseq,metaseqR2,ribosomeProfilingQC
建议我	awst,bigPint,DEScan2,easyreporting,HTSFilter,TCGAbiolinks
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EDASeq_2.30.0.tar.gz
Windows二进制	EDASeq_2.30.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	EDASeq_2.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EDASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EDASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EDASeq/
软件包下载报告	下载数据