卡格
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doi：10.18129/b9.bioc.cager
分析CAGE（基因表达的CAP分析）测序数据，以精确的转录起始位点和启动性挖掘
生物导体版本：版本（3.15）
笼子测序数据的预处理，转录起始位点的识别和归一化以及转录起始位点簇的下游分析（启动子）。
作者：Vanja Haberle [AUT]，Charles Plessy [Cre]，Damir Baranasic [CTB]，Sarvesh Nikumbh [CTB]
维护者：charles plessy
引用（从r内，输入引用（“ Cager”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Cager”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Cager”）
| html | R脚本 | CAGER：用于笼数据分析和启动性挖掘的R包装 |
| html | R脚本 | 与Cager一起使用笼子资源 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 聚类，，，，功能基因组学，，，，基因表达，，，，正常化，，，，预处理，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，可视化 |
| 版本 | 2.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.12（R-3.0）（9。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | 方法，多亚sayExexperiment，r（> = 4.1.0） |
| 进口 | 生物基因，，，，生物比较，，，，BSGENOME，，，，Data.Table，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，公式，，，，GenomeInfodB，，，，基因组签名，，，，基因组机（> = 1.37.16），GGPLOT2（> = 2.2.0），gtools，，，，iranges（> = 2.18.0），克恩斯门茶，，，，备忘录，，，，plyr，，，，rsamtools，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，S4VECTORS（> = 0.27.5），SOM，，，，字符串，，，，Stringi，，，，总结性特征，utils，素食主义者，，，，VGAM |
| 链接 | |
| 建议 | BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，deseq2，，，，fantom3and4cage，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | seqpattern |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | cager_2.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | cager_2.2.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | cager_2.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cager |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/cager |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/cager/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
