fluentGenomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.fluentGenomics

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅fluentGenomics。

plyranges tximeta工作流

Bioconductor版本:3.14

一个扩展的工作流使用plyranges和tximeta流利的基因组数据分析软件包。使用tximeta正确导入RNA-seq量化记录和总结他们为下游基因计数分析。使用plyranges清楚地表达了对基因组坐标操作并结合微分表达式和微分可访问性分析的结果。

作者:斯图亚特·李(aut (cre)迈克尔·爱(aut,施莱)

维修工:斯图亚特·李<李。年代在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“fluentGenomics”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“fluentGenomics”)

HTML	R脚本	fluentGenomics
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BasicWorkflow,GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	1.6.0
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	plyranges(> = 1.7.7),dplyr,SummarizedExperiment,readr统计,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,bookdown,rappdirs,BiocFileCache,DESeq2,limma,ggplot2,tidyr,tximeta(> = 1.4.2),巨噬细胞(> = 1.2.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sa-lee/fluentGenomics
BugReports	https://github.com/sa-lee/fluentGenomics/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	fluentGenomics_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fluentGenomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ fluentGenomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/fluentGenomics/
包下载报告	下载数据