SingscoreAMLMutations

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingscoreAMLMutations

此包适用于Bioconductor 3.14版;有关稳定的最新发布版本，请参见SingscoreAMLMutations．

利用singscore从转录组特征预测AML突变

Bioconductor版本:3.14

这个工作流程包展示了如何使用转录组签名来推断表型。工作流程首先展示如何使用TCGAbiolinks包下载和处理TCGA AML转录组数据。然后展示如何使用singscore包和来自MSigDB的签名对样本进行评分。最后，在预测AML中特定突变的情况下，显示了分数的预测能力。该工作流程展示了Bioconductor包的相互作用，以实现基因集级别的分析。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, cre]， Momeneh Foroutan [au]， Yi Xie [aut]，吕汝倩[aut]，马尔维卡·卡班达[aut]——约瑟夫·库尔森[au]——梅莉莎·j·戴维斯[作者]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D at wehi.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SingscoreAMLMutations”)

超文本标记语言	R脚本	利用singscore从转录组特征预测AML突变
超文本标记语言	R脚本	利用singscore预测AML转录组突变
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，GenomicVariantsWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.10.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	dcanr，刨边机，ggplot2，gridExtra，GSEABase，mclust，org.Hs.eg.db，plyr，reshape2，rtracklayer，singscore，SummarizedExperiment，TCGAbiolinks，BiocFileCache
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，BiocWorkflowTools，拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues
全靠我
进口我
建议我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SingscoreAMLMutations_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingscoreAMLMutations
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingscoreAMLMutations
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SingscoreAMLMutations/
软件包下载报告	下载数据