spatialLIBD

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatialLIBD

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅spatialLIBD。

spatialLIBD: R / Bioconductor包可视化在转录组数据

Bioconductor版本:3.14

检查交互在10 x基因的转录组数据Visium平台以及数据梅纳德Collado-Torres et al,自然神经科学,2021项目分析了利大脑发展研究所(LIBD)研究人员和合作者。

作者:达芬奇Collado-Torres (aut (cre),克里斯汀·r·梅纳德(施)安德鲁·e·贾菲(施),布伦达帕尔多(施),艾比斯潘格勒(施),耶稣维圣地亚哥(施)

维护人员:达芬奇Collado-Torres < lcolladotor gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“spatialLIBD”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“spatialLIBD”)

HTML	R脚本	介绍spatialLIBD
HTML	R脚本	用spatialLIBD 10倍基因组学公共数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,Homo_sapiens_Data,PackageTypeData,SequencingData,SingleCellData,组织
版本	1.6.5
许可证	艺术- 2.0
取决于	SpatialExperiment(> = 1.3.3)、R (> = 3.6)
进口	闪亮的,傀儡,ggplot2,cowplot,情节,viridisLite,shinyWidgets,彩色,sessioninfo、网格grDevices、方法AnnotationHub跑龙套,png,嘘,DT,ExperimentHub,RColorBrewer,SummarizedExperiment、统计数据、图表、S4Vectors,IRanges,字段,benchmarkme,SingleCellExperiment,BiocFileCache,jsonlite,宠物猫,rtracklayer,矩阵,BiocGenerics,GenomicRanges,魔法
链接
建议	knitr,RefManageR,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> =魅惑,covr,在这里,BiocManager,pryr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/spatialLIBD
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/spatialLIBD
取决于我
进口我
建议我	BayesSpace
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	spatialLIBD_1.6.5.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialLIBD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ spatialLIBD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/spatialLIBD/
包下载报告	下载数据