scRNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.scRNAseq

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scRNAseq。

公共单细胞RNA-Seq数据集的集合

Bioconductor版本:3.14

能够计数公共scRNA-seq数据集的集合,提供与细胞,能够作为SingleCellExperiment对象的元数据。

作者:大卫Risso (aut (cph),迈克尔·科尔(aut),亚伦Lun(施,cre)艾伦·奥卡拉汉(施),Jens Preussner[所有],夏洛特Soneson[所有],Stephany Orjuela[所有],丹尼尔Bunis[所有],米兰Malfait(施)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scRNAseq”)

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文档

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browseVignettes (“scRNAseq”)

HTML	R脚本	用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,RNASeqData,SequencingData,SingleCellData
版本	2.8.0
许可证	CC0
取决于	SingleCellExperiment
进口	跑龙套、方法BiocGenerics,S4Vectors,GenomicRanges,SummarizedExperiment,ExperimentHub,AnnotationHub,AnnotationDbi,ensembldb,GenomicFeatures
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,BiocFileCache,testthat,rappdirs、工具
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	OSCA。先进,OSCA。基本、OSCA.intro OSCA.workflows
进口我	singleCellTK
建议我	后面;,咆哮,命运,dittoSeq,Glimma,iSEE,iSEEu,miQC,mumosa,scAnnotatR,嘘,scClassifR,scDblFinder,scFeatureFilter,司康饼,食物,scTreeViz,天窗,SingleCellExperiment,单,一口,SummarizedBenchmark,伶盗龙,zellkonverter,zinbwave
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	scRNAseq_2.8.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRNAseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scRNAseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scRNAseq/
包下载报告	下载数据