scATAC.Explorer

DOI:10.18129 / B9.bioc.scATAC.Explorer

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅scATAC.Explorer

一个单细胞ATAC测序数据集和相应的元数据的集合

Bioconductor版本:3.14

这个包提供了一个工具来搜索和下载一个公开可用的集合单细胞ATAC-seq数据及其元数据。scATAC-Explorer旨在作为一个单一的入口点为用户寻求研究单细胞ATAC-seq数据。用户可以快速搜索可用的数据集使用的元数据表和下载感兴趣的数据集内立即分析R。

作者:Arrian Gibson-Khademi (aut (cre),埃里克·克里斯滕森(aut) Parisa Shooshtari (aut)

维护人员:Arrian Gibson-Khademi < agibsonk在uwo.ca >

从内部引用(R,回车引用(“scATAC.Explorer”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“scATAC.Explorer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“scATAC.Explorer”)

HTML R脚本 scATAC.Explorer
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ExperimentData,ExpressionData,地理,基因组,PackageTypeData,SequencingData,SingleCellData,组织
版本 1.0.1
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 4.1),SingleCellExperiment,BiocFileCache,data.table跑龙套,S4Vectors
进口 方法,矩阵
链接
建议 BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/shooshtarilab/scATACseq/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 scATAC.Explorer_1.0.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scATAC.Explorer
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ scATAC.Explorer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/scATAC.Explorer/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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