这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅preciseTADhub。
Bioconductor版本:3.14
一个包含pre-trained experimentdata包来补充preciseTAD包模型和变量的引入每个基因组注释用于构建模型解析ExperimentHub可用对象和列表。总共preciseTADhub提供n = 84随机森林分类模型优化预测出/染色质循环边界区域和存储为.RDS文件。价值,n,来自这样一个事实:我们认为l = 2细胞系{GM12878, K562}, g = 2地面实况边界{箭头,Peakachu},和c = 21常染色体染色体{CHR1, CHR2,…,CHR22}(省略CHR9)。此外,每个对象本身就是外带一个二道菜列表包含:(1)模型对象,和(2)CTCF的变量重要性,RAD21, SMC3, ZNF143用来预测边界地区。每个模型通过“抵抗”战略,训练数据从染色体{CHR1, CHR2,…CHRi-1 CHRi + 1,……,CHR22} were used to build the model and the ith chromosome was reserved for testing. See https://doi.org/10.1101/2020.09.03.282186 for more detail on the model building strategy.
作者:斯皮罗Stilianoudakis (aut),米哈伊尔•Dozmorov (aut (cre)
维修工:米哈伊尔Dozmorov <米哈伊尔。在gmail.com dozmorov >
从内部引用(R,回车引用(“preciseTADhub”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“preciseTADhub”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“preciseTADhub”)
HTML | R脚本 | preciseTADhub |
参考手册 | ||
文本 | 许可证 |
biocViews | ExperimentData,ExperimentHub,基因组,PackageTypeData |
版本 | 1.2.0 |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.1) |
进口 | ExperimentHub |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,减价,BiocStyle,preciseTAD |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/dozmorovlab/preciseTADhub |
BugReports | https://github.com/dozmorovlab/preciseTADhub/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | preciseTADhub_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/preciseTADhub |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ preciseTADhub |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/preciseTADhub/ |
包下载报告 | 下载数据 |