preciseTADhub

DOI:10.18129 / B9.bioc.preciseTADhub

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅preciseTADhub

使用preciseTAD Pre-trained随机森林模型获得

Bioconductor版本:3.14

一个包含pre-trained experimentdata包来补充preciseTAD包模型和变量的引入每个基因组注释用于构建模型解析ExperimentHub可用对象和列表。总共preciseTADhub提供n = 84随机森林分类模型优化预测出/染色质循环边界区域和存储为.RDS文件。价值,n,来自这样一个事实:我们认为l = 2细胞系{GM12878, K562}, g = 2地面实况边界{箭头,Peakachu},和c = 21常染色体染色体{CHR1, CHR2,…,CHR22}(省略CHR9)。此外,每个对象本身就是外带一个二道菜列表包含:(1)模型对象,和(2)CTCF的变量重要性,RAD21, SMC3, ZNF143用来预测边界地区。每个模型通过“抵抗”战略,训练数据从染色体{CHR1, CHR2,…CHRi-1 CHRi + 1,……,CHR22} were used to build the model and the ith chromosome was reserved for testing. See https://doi.org/10.1101/2020.09.03.282186 for more detail on the model building strategy.

作者:斯皮罗Stilianoudakis (aut),米哈伊尔•Dozmorov (aut (cre)

维修工:米哈伊尔Dozmorov <米哈伊尔。在gmail.com dozmorov >

从内部引用(R,回车引用(“preciseTADhub”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“preciseTADhub”)

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文档

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browseVignettes (“preciseTADhub”)

HTML R脚本 preciseTADhub
PDF 参考手册
文本 许可证

细节

biocViews ExperimentData,ExperimentHub,基因组,PackageTypeData
版本 1.2.0
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 4.1)
进口 ExperimentHub
链接
建议 knitr,rmarkdown,减价,BiocStyle,preciseTAD
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/dozmorovlab/preciseTADhub
BugReports https://github.com/dozmorovlab/preciseTADhub/issues
取决于我
进口我
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包档案

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源包 preciseTADhub_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/preciseTADhub
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ preciseTADhub
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/preciseTADhub/
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