多萝西娅

DOI:10.18129 / B9.bioc.dorothea

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅多萝西娅。

人类和小鼠TF调节子的集合

Bioconductor版本:3.14

这个包包含人类和小鼠TF调节子。人类的调节子是策划和收集来自文学策划等不同类型的证据资源,ChIP-seq山峰,TF结合位点图案直接从基因表达和相互作用的。鼠标调节子由人类基因符号映射到他们的直接同源小鼠。这些调节子可以加上任何统计方法,旨在分析基因从基因表达数据集来推断特遣部队活动。最好是使用统计方法毒蛇。

作者:丹尼尔季米特洛夫(cre)、基督教h .荷兰(aut),Luz Garcia-Alonso (aut),阿尔贝托Valdeolivas[所有],Minoo阿什蒂亚尼(施),匈奴王伽柏(施)

季米特洛夫维护者:丹尼尔<丹尼尔。他当时在uni-heidelberg.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“多萝西娅”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“多萝西娅”)

HTML	R脚本	TF活性推理从散装转录组数据与多萝西娅调节子资源。
HTML	R脚本	TF活动从scRNA-seq数据推理和多萝西娅调节子资源。
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData,Homo_sapiens_Data,Mus_musculus_Data
版本	1.6.0
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr,magrittr,bcellViper,毒蛇
链接
建议	Biobase,BiocStyle,knitr,pheatmap,pkgdown,rmarkdown,修拉,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,testthat(> =魅惑,宠物猫,tidyr,跑龙套
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/dorothea/https://github.com/saezlab/dorothea
BugReports	https://github.com/saezlab/dorothea/issues
取决于我
进口我	cosmosR,更容易
建议我	MethReg
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dorothea_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dorothea
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/多萝西娅
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dorothea/
包下载报告	下载数据