Single.mTEC.Transcriptomes

DOI:10.18129 / B9.bioc.Single.mTEC.Transcriptomes

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Single.mTEC.Transcriptomes

单细胞鼠标mTEC细胞的转录组数据和分析

Bioconductor版本:3.14

包包含的代码使用该数据来分析单细胞RNA-seq和散装ATAC-seq数据手稿题为:单细胞转录组分析显示协调ectopic-gene髓胸腺上皮细胞的表达模式。这篇论文发表在《自然免疫学》16933 - 941 (2015)。这个包中提供的数据对象已经预处理:原始数据文件可以下载从ArrayExpress下加入标识符e - mtab - 3346和e - mtab - 3624。这个包提供了一个数据记录的装饰图案和可再生的工作流,包括用于生成每个统计的代码和图的手稿。

作者:亚历杭德罗雷耶斯

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯<亚历杭德罗。雷耶斯在embl.de >

从内部引用(R,回车引用(“Single.mTEC.Transcriptomes”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Single.mTEC.Transcriptomes”)

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文档

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PDF R脚本 单细胞分析mTEC数据。
PDF 参考手册

细节

biocViews ExperimentData
版本 1.22.0
许可证 LGPL
取决于 R (> = 3.5.0)
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建议 DESeq2,GenomicRanges,GenomicFeatures,genefilter,statmod,gdata,RColorBrewer,ggplot2,gplots,集群,线索、网格gridExtra,ggbio,Gviz,geneplotter,matrixStats,pheatmap,BiocStyle,knitr,BiocParallel
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包档案

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源包 Single.mTEC.Transcriptomes_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Single.mTEC.Transcriptomes
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Single.mTEC.Transcriptomes
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Single.mTEC.Transcriptomes/
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