RLHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.RLHub

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RLHub。

一个ExperimentHub包访问RLSuite数据集处理

Bioconductor版本:3.14

| RLHub处理提供了一个方便的接口提供的数据在RLSuite, R-loop-mapping分析数据集的工具链。RLHub的主要目的是服务所需的加工数据集RLSeq R包和RLBase web服务。此外,RLHub这些数据提供了一个独立的R接口,受益用户解决相关问题R-loop地区(RL-Regions) R-loop-binding蛋白质(RLBPs) R-loop硝唑因素,和R-loop-mapping方法之间的差异。完整的数据生成协议是在这里找到:https://github.com/Bishop-Laboratory/RLBase-data。

作者:亨利•米勒(cre, aut cph](错,cph),亚历山大主教

维护人员:亨利米勒< millerh1 uthscsa.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RLHub”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RLHub”)

HTML	R脚本	访问RLHub数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ChIPSeqData,DNASeqData,编码,ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,地理,基因组,PackageTypeData,RNASeqData,ReproducibleResearch,SequencingData
版本	1.0.0
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	AnnotationHub,ExperimentHub,跑龙套
链接
建议	knitr,DT,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bishop-Laboratory/RLHubhttps://bishop-laboratory.github.io/RLHub/
BugReports	https://github.com/Bishop-Laboratory/RLHub/issues
取决于我
进口我	RLSeq
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RLHub_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RLHub
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RLHub
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RLHub/
包下载报告	下载数据