FlowSorted.Blood.EPIC

DOI:10.18129 / B9.bioc.FlowSorted.Blood.EPIC

这个包是3.14版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FlowSorted.Blood.EPIC。

Illumina公司史诗immunomagnetic数据排序外围成人血细胞

Bioconductor版本:3.14

原始数据对象用于血细胞比例估计minfi和类似的包。FlowSorted.Blood。史诗对象位于样品化验布鲁克克里斯腾森和他的同事;详细信息请参阅萨拉斯et al . 2018。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110554。

aut作者:卢卡斯·a·萨拉斯(cre),德文·c·凯斯特勒(aut) Rondi a·巴特勒(施),海伦·m·汉森(施),约翰·k·Wiencke[所有],卡尔·t·凯尔西(施),布洛克c·克里斯滕森(施),Kasper丹尼尔·汉森(施)(作者和维护者的原始minfi estimateCellCounts和内部函数),让-菲利普•福丁(施)(贡献者在原始minfi estimateCellCounts和内部函数),山诉安德鲁斯(施)(贡献者在原始minfi estimateCellCounts和内部函数),E·安德烈斯豪斯曼(施)(作者最初的二次规划函数用于细胞投影),E安德鲁•贾菲(施)(作者原estimateCellCounts和内部功能minfi)

维护人员:卢卡斯·a·萨拉斯< lucas.a.salas。迪亚兹在dartmouth.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FlowSorted.Blood.EPIC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FlowSorted.Blood.EPIC”)

HTML	R脚本	FlowSorted.Blood.EPIC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,基因组,Homo_sapiens_Data,MethylationArrayData,MicroarrayData,组织,TissueMicroarrayData
版本	1.12.1
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),minfi(> = 1.21.2),SummarizedExperiment,genefilter,quadprog,nlme,S4Vectors、图表、数据、跑龙套,IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19,ExperimentHub
进口
链接
建议	knitr,rmarkdown,EpiDISH,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,FlowSorted.Blood.450k(> = 1.0.1),FlowSorted.CordBlood.450k,FlowSorted.CordBloodNorway.450k,testthat,IlluminaHumanMethylation450kmanifest(> = 0.2.0),IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19(> = 0.2.1),IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/immunomethylomics/FlowSorted.Blood.EPIC
BugReports	https://github.com/immunomethylomics/FlowSorted.Blood.EPIC/issues。
取决于我	FlowSorted.CordBloodCombined.450k
进口我
建议我	DMRcate,西瓜
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FlowSorted.Blood.EPIC_1.12.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FlowSorted.Blood.EPIC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FlowSorted.Blood.EPIC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FlowSorted.Blood.EPIC/
包下载报告	下载数据